Tutorial Aplikasi Gamgi dalam Pembelajaran Kimia

  Gamgi

GAMGI adalah sebuah perangkat lunak open source untuk penciptaan dan analisis struktur atom.GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) adalah sebuah program untuk

membangun, melihat, dan menganalisis strucures atom seperti molekul, kristal, gelas, cairan, dll.Nah sekarang yuk kita belajar cara menggunakan aplikasi GAMGI.

Buka aplikasi menu gamgi  maka akan terlihat tampilan di bawah  ini 

Jangan khawatir tidak bisa menggunakan apliksai Gamgi, karena di dalam aplikasi ada menu tutorialnya. Untuk memunculkan menu tutorial, klik Help-Tutorial, maka muncul

Nah saya mencoba untuk membuat bentuk kristal NaCl. Tutorial yang tampak adalah:

Dengan Tutorial tersebut sedikit membantu kita dalam pembuatan struktur NaCl

Untuk membuat cell maka kita harus klik bawah ini. Isi sesuai dengan cell-create-. Maka akan muncul tampilan seperti di tutorial 

Sedangkan untuk tampilan “atom-create” muncul tampilan seperti dibawah ini. Untuk mengisi data-data tersebut. Anda harus klik table:

Setelah Anda Klik Table maka muncul tampilan seperti di bawah ini. Pilih ataom Na 

tampilan yang akan muncul adalah seperti di bawah ini

Nah, ikuti langkah yang ada di menu Tutorial ya…

Untuk lebih jelasnya mari kita kunjungi alamat ini

http://www.ziddu.com/download/23434359/CARAMENGGUNAKANAPLIKASIGAMGI.docx.html 

Tutorial Aplikasi Molecule Polarity dalam Pembelajaran Kimia

Molecule Polarity

 untuk Menentukan Sifat Molekul

Molecule Polarity merupakan software yang dapat digunakan untuk menentukan sifat-sifat suatu molekul berdasarkan perbedaan keelektronegatifan atom-atom penyusunnya. Software ini sangat berguna untuk mendukung pembelajaran kimia, khususnya untuk materi ikatan.

Untuk menggunakannya, kita hanya perlu mengatur skala electronegativity sesuai dengan keelektronegatifan atom-atom penyusun molekul yang akan diuji, selanjutnya check list sesuai dengan informasi yang kita butuhkan.

Berikut ini adalah contoh screenshoot  Molecule polarity. Selamat mencoba!

Untuk mengetahui Bond dipole suatu molekul yang tersusun atas dua atom

Untuk mengetahui Bond dipole, Partial charges, Bond character, Electron density, dan Electron field suatu molekul yang tersusun atas dua atom

Untuk mengetahui Bond dipole, Molecule dipole, dan Partial charge suatu molekul yang tersusun atas tiga atom

Untuk mengetahui sifat-sifat dan properti dari real molecule

Tutorial Aplikasi GChemPaint dalam Pembelajaran Kimia

GCHEMPAINT

Satu lagi software kimia dalam Linux adalah Gchempaint. Yuk kenalan dengan Gchempaint.

Apa itu Gchempaint?

GChempaint (kimia Editor struktur 2D untuk desktop GNOME2) GChempait adalah aplikasi untuk yg mirip Artikel Baru Xdrawchem, namun ditambah kemampuannya untuk membuat dokumen dengan berbagai antarmuka. Gambar berbagai molekul hasil dari GChempaint ini dapat disearch pada NIST Webbook dan PubChem.

GChempaint memiliki tools seperti di bawah ini:

Nah anda dapat berkreasi sepuasnya dengan tools tersebut.

selamat mencoba teman-teman,, semoga bermanfaat

Tutorial Aplikasi Molecule Shapes dalam Pembelajaran Kimia

Molecule Shapes

Membuat gambar (menggambar) bentuk molekul secara sesuai dengan ide sendiri sering menjadi keinginan banyak orang terutama yang berkecimpung dalam bidang yang ada kaitannya dengan kimia. Intinya menuangkan ide sesuai pemahaman. Gambar-gambar bentuk molekul di jagad maya sangat banyak sekali, tinggal ketika nama molekul ditambahi beberapa istilah seperti shape, geomteri, bentuk, struktur atau apapun yang mengarah ke bentuk molekul dijamin ketemu. Hanya saja sering itu tidak pas dengan maunya kita  . Kadang kita menghendaki mestinya begini atau begitu jadi perlu disesuaikan, tapi kalau gambar itu buatan orang lain tentu tak semudah itu kita mengubahnya. Oleh karena itu dengan sedikit trik kita dapat “sedikit” membuat gambar bentuk molekul tertentu.

Untuk membuat gambar bentuk molekul secara offline dengan menggunakan aplikasi khusus beberapa sudah dibahas di blog ini, seperti menggunakan aplikasi gratisan ChemSketch atau dengan Marvin Sketch. Atau dengan memanfaatkan simulasi kecil namun cukup powerfull seperti hasil pengembangan Phet Colorado. Dengan simulasi “Molecule and Shapes” dari Phet Colorado kita bisa tangkap yang ada dilayar dan sedikit menambahkan deskripsi dan sebagainya. Jika belum punya silakan unduh dari sini. Tapi perlu diketahui agar simulasi berjalan lancar di komputer yang kita gunakan harus terpasang (terinstall) Java Run Time. Kalau keburu pingin segera mencoba boleh mencoba cara online klik di sini. Setelah sesuai dengan keinginan bentuk molekul yang dimaksud silahkan crop dan edit seperlunya.Untuk screen capture boleh pakai aplikasi yg gartisan bertebaran tuh, tapi saya suka memakai FSCapture 

Berikut contoh sederhana hasil screen capture molekul air dengan simulasi Molecule and Shapes dari Phet Colorada.

Bagaimana cara membuatnya? Ups kita tidak membuat tapi hanya memilih-milih saja kok. Begitu simulasi terbuka kita langsung melihat model bentuk molekul, karena secara default kita berada pada Model. Untuk “Real Molecules” kita tinggal pilih molekul yang sudah dibuatkan oleh pembuat simulasi.

Pada tampilan “Model” kita bisa mencoba membuat berbagai bentuk molekul sesuai kebutuhan kita, kita dapat menambahkan ikatan menampilkan atau tidak menampilkan pasangan elektron bebas yang ada. Semua secara otomatis akan menempatkan diri pada posisi yang paling mungkin. Kita pun dapat melihatnya dari berbagai sisi karena kita dapat memutar molekul yang kita buat atau kita tampilkan. Juga dapat pula menampakkan sudut ikatan setiap molekul. Tinggal klik dan klik saja jadi. Sementara di tampilan “Real Molecules” kita tinggal pilih bentuk molekul sesuai nama senyawanya.

Menurut saya sebaiknya kita tidak membuat screen capture untuk mengajar kecuali kita akan membuat dalam bentuk teks. Saran saya sebaiknya kita download simulasi itu kemudian langsung kita gunakan saat mengajar di kelas. Dengan simulasi tadi kita bisa menunjukkan apa saja yang perlu diketahui siswa.

Tutorial Aplikasi Chemdraw dalam Pembelajaran Kimia

  Chemdraw

 

Chemdraw merupakan software kimia dari produk Cabridgesoft.inc. ChemDraw memiliki banyak fungsi, diantaranya membuat nama dan struktur senyawa,. membuat struktur streokimia dengan benar dari nama kimia, dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spektra NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung dengan korelasi spektral. Selain itu, ChemDraw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah dan mengelilingi bagian struktur yang salah.

Setelah berhasil melakukan installasi ChemDraw 11 maka pada PC akan terlihat program baru yang bernama ChemBioOffice 2008 yang di dalamnya terdapat ChemDraw Ultra 11.0. Klik ChemDraw Ultra 11 maka akan tampil gambar sebagai berikut:

 

Misalnya ingin mengetahui nama struktur senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃
Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :

1.      Buat struktur senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃ pada lembar ChemDraw

2.      Pilih structure pada bagian toolbar

3.      Pilih structure convert to name

4.      Setelah itu nama dari senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃ akan muncul seperti gambar dibawah ini.

Sebaliknya ChemDraw juga dapat menggambarkan struktur suatu senyawa dari nama senyawa tersebut. Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :

1.      Tulis nama suatu senyawa pada lembar ChemDraw

2.      Pilih structure pada bagian toolbar

3.      Pilih name convert to structure sesuai (IUPAC)

Download Software copy paste link berikut:

http://www.4shared.com/file/fdQKL-nO/ChemDraw11part3.htm

 

Demikian Tutorial aplikasi Chemdraw Semoga dapat bermanfaat :)

Tutorial Aplikasi BKCHEM dalam Pembelajaran Kimia

                                  BKchem
 
BKChem adalah software Ubuntu untuk pelajaran kimia yang dikemas dengan fitur. Mendukung, menurut tim pengembang website: gambar ikatan molekul, panjang ikatan dan pembatasan sudut untuk membantu dengan gambar, siap untuk menggunakan template umum, mendukung warna, grafik vektor sederhana (persegi panjang, lingkaran, poligon, dan lain – lain) serta lainnya.
Mengedit juga mudah dengan kemampuan unlimited undo dan redo, menyelaraskan, scaling, rotasi (2D, 3D), menyelaraskan molekul, rotasi fragmen molekul , definisi dari gambar (panjang ikatan, lebar, warna).
BKChem memiliki kemampuan ekspor untuk SVG (data asli secara transparan tertanam ke dalam file SVG), OpenOffice Draw format, ODF (OpenOffice 2.0), Encapsulated PostScript, PDF, PNG, dukungan dasar untuk kedua CML1 dan CML2, Molfiles dan generasi SMILES. Dapat juga mengimpor CML1 dan CML2, Molfiles, SMILES (subset) dan inchi (subset). BkChem diterjemahkan dalam bahasa Inggris, Perancis, Ceko, Polandia, Jerman dan terjemahan Tradisional Cina.

untuk lebih lengkapnya, yukkk,,, mari ikuti langkah-langkah di bawah ini..

1. Buka aplikasi BKchem

 There are 5 main sections: Main menu, Action menu, Text line with its buttons, Drawing section and Status bar section. 

  Nahh, nanti akan muncul tampilan seperti ini..!

2. A square at the end of a bond indicates possibility of joining another bond, or typing chemical formula on keyboard, which is then placed instead of a square.

3. One of the basic functions of every program-UNDO, is available in edit menu or by CTRL-Z shortcut

4. After choosing object-scale, you can change a size of an object. Three useful options are available

5. There´s a bond symbol in action menu, but a bond could be drawn several ways. Colour squares   indicates:Green:Angle between 2 bonds; Red:bond order; Blue:Style; Yellow:Fixed/Nonfixed length

6. These are the basic shortcuts, it will be usable in almost every / every editor

BKchem dapat di unduh di http://bkchem.en.softonic.com/download

video tutorial dapat di lihat di https://www.youtube.com/watch?v=ltZmsFX-Q9o

Tutorial Aplikasi GDPC dalam Pembelajaran Kimia

                                    GDPC
Info Umum:
gdpc adalah program untuk memvisualisasikan simulasi dinamika molekul, ini adalah program yang sangat fleksibel dan dapat dengan mudah digunakan untuk tujuan lain. gdpc membaca xyz masukan dan adat format dan dapat menulis gambar dari frame.
Changelog:

• 2.2.5: Kecil kode pembersihan
  • Simbol usang diperbarui dalam GTK + 2.16.
  • Diperbarui Makefile dan file spesifikasi, disumbangkan oleh Jussi Lehtola.
• 2.2.4: peningkatan fitur kecil
  • Resize jendela utama juga mengubah ukuran viewport.
• 2.2.3.1: peningkatan fitur kecil
  • Parameter yang benar untuk mendapatkan rotasi mulus dan diminimalkan penundaan antara frame.
• 2.2.3: peningkatan fitur kecil
  • Meningkatkan interaktivitas selama animasi (itu harus benar sekarang, sekali dan untuk semua).
  • Ditambahkan sekali dan parameter commandline memutar (disumbangkan oleh Santeri Paavolainen).
  • Kebocoran memori dan misc lainnya. bug tetap (termasuk kontribusi oleh Santeri Paavolainen).
• 2.2.2: peningkatan fitur kecil
  • Meningkatkan interaktivitas selama animasi.
• 2.2.1: Bug perbaikan
  • Membuat rotasi berperilaku baik. Hal ini telah rusak sejak pertama kali diperkenalkan.
  • Hapus beberapa printfs debuging kelebihan.
  • Memperbaiki kecil dari Makefile untuk meningkatkan generasi rpm.
• 2.2.0: Porting ke gtk + 2.2
  • G3data porting ke gtk + 2.2.
  • Semua fungsi usang dihapus.
  • Ditambahkan kemungkinan untuk menekan tombol ruang untuk 'bsleep' pilihan.
• 2.1.2: Ditambahkan fungsi
  • Ditambahkan 'bsleep' parameter yang memungkinkan pengguna untuk mengubah frame dengan menekan mousebutton tengah.
  • Dihapus editability dari entri teks.
• 2.1.1: Sentuhan akhir pada port untuk gtk + 2.0
  • Semua fungsi usang yang tersisa dari gtk + 1.x telah diganti dengan fungsi baru gtk + 2.0.
  • Gtk resmi + 2.0 rilis stabil.
• 2.00 Mayor rilis stabil: perbaikan bug minor
  • Tetap beberapa bug minor berputar
• 2.00pre2 (pembangunan): Perbaikan bug
  • Tetap semaphore inisialisasi bug. Thread bisa meninggalkan menunggu semaphore yang tidak pernah berubah.
  • Tetap potensi buffer overflow bug serius dan beberapa.
  • Tetap beberapa bug minor.

Download:
Terbaru gtk + 2.16 compliant versi:

• gdpc 2.2.5 Sumber (2448 KB)
• gdpc 2.2.5 x86_64 RPM dibangun di Fedora 11 (2429 KB)
• gdpc 2.2.5 Sumber RPM (2353 KB)

Masalah yang diketahui:

• Tak satupun

Screenshot:

Jendela Setup untuk gdpc, jendela ini secara otomatis muncul jika tidak ada parameter commandline dilewatkan ke program.

Aksi. Inilah yang gdpc tampak seperti ketika menghidupkan simulasi dinamika molekul. Animasi khusus ini adalah bagian cair dari Silicon setelah satu atom Si diberi energi kinetik dari 1 keV. sumber: http://www.frantz.fi/software/gdpc.php

Tutorial Aplikasi GDIS dalam Pembelajaran Kimia

GDIS

(Graphical Display Interface for Structures)

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:

• Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
• Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
• Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
• Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
• Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
• Pola difraksi generasi dan merencanakan.
• Animasi multi-frame file.
• Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.

Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,

Pada kolom model pilih model : editing,

Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Add atoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilih Display pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda. :)

Menggunakan Tool Measurements

Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikon measurements. Maka akan muncul tampilan seperti berikut :

Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka pada label list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.

Tool Animation

Dengan tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation maka akan muncul tampilan berikut :

Klik pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.

Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan diputar..  :)

Inilah Sekilas Penjelasan mengenai tutorial aplikasi GDIS.. Semoga dapat bermanfaat untuk anda..

Terimakasih :)

Tutorial Aplikasi Kalzium dalam Pembelajaran Kimia

KALZIUM 

        Kalzium is an application which will show you some information about the periodic system of the elements.

     Kalzium adalah aplikasi kimia yang digunakan dalam linux yang berisi informasi tentang karakteristik dari unsur-unsur kimia dalam tabel periodik seperti nomor massa, nomor atom, energi, model atom, energy ionisasi, dan semua yang menjadi karakteristik dari suatu unsur tersebut.

Tampilannya :

                 Bagaimana cara membuatnya?mudah saja… :)

           Kalzium dapat menampilakn berbagai bentuk dari Periodic Table, caranya tinggal memilih   icon yang berisikan pilihan Classic, Short, Long, Transition, atau juga DZ Periodik Table. 

         Disini saya memilih tampilan Long Periodic Table, selain itu kita juga bisa menggunakan fitur Scheme untuk memilih tampilan dari periodic table, seperti pilihan Icon yang disertai dengan gambar contoh dalam kehidupan.

                Selain itu kita juga dapat memilih fitur Gradient yang dapat menampilkan gradiasi warna dari Periodic Table tersebut.

        Bagi anda yang ingin mengetahui melting point, boiling point, dll dapat melihatnya dengan mengklik salah satu unsur yang dikehendaki. Disini saya mencoba untuk melihat karakteristik dari unsur Li :

                 Untuk melihat model atomnya dengan cara klik atom model, seperti berikut :

                   Kita bisa melihat unsur-unsur lain hanya dengan cara klik icon pilihan Previous :

              Jika anda mengetahui manfaat lebih dari aplikasi kimia ini kita bisa memilih fitur tool Plot Data.  

         Untuk menuju tool Plot Data, klik menu Tool dan  pilih Plot Data. Pada tool  ini dapat dilakukan pem-plot-an antara sumbu X dan Y (dalam sebuah grafik) beberapa sifat periodik unsur untuk melihat kecenderungan suatu unsur.

          Bagian sumbu X dan Y terdapat nomor atom (Atomic Number), massa atom (Mass), elektronegatifitas (Electronegativity), titik lebur (Melting Point), titik didih (Boiling Point), jari-jari atom (Atomic Radius), dan jari-jari kovalen (Covalent Radius).

              Sebelum melakukan pem-plot-an tentukan terlebih dahulu First element dan Last element dengan mengetikan angka atau menekan tanda panah atas-bawah. Atur juga bagian Display (Tampilan), apakah kita ingin menampilkan label (nama unsur atau simbol unsur) pada titik-titik plot atau dibiarkan kosong tanpa label.

        Pokok bahasan yang bisa memanfaatkan Plot Data ini antara lain:

• Sistem periodik unsur (sifat periodik unsur). Di sini kita bisa mempelajari tentang berbagai kecenderungan unsur dengan naiknya nomor atom, atau dalam jenis unsur tertentu (logam-non logam, masing-masing blok, golongan)
• Ikatan kimia (ikatan ion, ikatan kovalen, ikatan logam). Bahasan ikatan kimia bisa memanfaatkan data elektronegativitas untuk menentukan kemungkinan suatu unsur membentuk ikatan dengan unsur lainnya. Apakah mereka akan membentuk ikatan ion, ikatan kovalen, atau ikatan logam.
• Kimia unsur (kelimpahan unsur). Beberapa karakteristik unsur juga bisa dipelajari dengan menggunakan plot data Kalzium ini.
• Pokok bahasan lain yang memerlukan plot data unsur-unsur.